De diagnose is zonder uitgebreid onderzoek lastig te stellen. Veelal worden klachten zoals pijn of ontsteking aan borstbeen, sleutelbeen of schouder bij een eerste anamnese toegewezen aan meer voor de hand liggende oorzaken. Om de diagnose SCCH te kunnen stellen wordt gebruik gemaakt van diverse onderzoeken.
Hiermee wordt de lokalisatie van de botafwijkingen en de mate van botactiviteit in de aangetaste gebieden gemeten. Dit onderzoek is zeer gevoelig voor een beginnende of slechts mild toegenomen activiteit van het botweefsel en is daarom belangrijk voor de vroege vaststelling van de ziekte en van een eventueel recidief.
Hiermee wordt de structuur van het afwijkende botweefsel, zowel in de weke delen, als in de omgeving van het bot of de botten, zichtbaar gemaakt.
Hiermee worden de beenmergafwijkingen zichtbaar gemaakt die vroeg in het ziekteproces ontstaan. Een beginnende woekering van ontstekingscellen of andere ontwikkelingen zoals bindweefseling in het merg worden daarmee vroegtijdig aangetoond.